El Programa de Regularización es el encargado de analizar, revisar y actualizar los expedientes de adjudicación de tierras nacionales otorgadas a través de los programas agrarios del Estado durante el período comprendido entre 1962 y 1999, promoviendo y culminando la inscripción registral de las que llenen los requisitos legales, así como promover la recuperación de las tierras que fueron adjudicadas en violación de las leyes agrarias que regulaban la materia.La ejecución del Programa de Regularización cuenta con dos Direcciones, la de Regularización, que cubre 21 departamentos (central)  y la Dirección de Regularización y Acceso a la Tierra de Petén.

 La Dirección de Regularización Central

Es la unidad técnico administrativa del Fondo de Tierras que tiene a su cargo conocer y resolver los procedimientos de regularización de la tenencia de la tierra que se deriva de los programas agrarios del Estado que se efectuaron en el período comprendido entre los años 1962 y 1999, incluyendo el proceso de adjudicación de tierras nacionales a partir de la existencia de la institución en el año 1999.   Este objetivo se logra con un trabajo en conjunto de las distintas coordinaciones que conforman la Dirección de Regularización, cada una aportando a través de sus funciones específicas los avances necesarios que conducen a otorgar certeza jurídica de la propiedad que cada beneficiario ocupa y trabaja.  Las funciones son las siguientes:

 Coordinación de la Oficina Centra

lPor medio de la Unidad de Asuntos Jurídicos analiza los expedientes para determinar su trámite, da apoyo jurídico a las diferentes comisiones de trabajo, determina con certeza jurídica la situación registral de los inmuebles; y, por medio de la Unidad de Servicios Notariales deja constancia notarial de lo actuado en acto determinado, tramita los diferentes expedientes ante las oficinas del Estado.

 Coordinación de Sedes y Equipos Móviles

Ubicadas físicamente en el interior de la República, se realizan principalmente los estudios técnicos consistentes en censos a comunidades y personas individuales, constatación de abandonos a los beneficiarios, cobros a los adjudicatarios, estudios específicos de registro y catastro, estudios socioeconómicos, estudios capacidad y uso de la tierra (ECUT) e investigación de estados reales y físicos de las propiedades, contando con el apoyo de los Equipos Móviles, para su ejecución. 

Coordinación del Área Técnica:

 Está conformada por dos Secciones: a)  la primera es la Sección de Fincas Nuevas, la cual realiza estudios registrales, catastrales y geoposicionamiento de fincas nacionales y de terrenos baldíos, y también supervisión de trabajos que efectúan Ingenieros que prestan sus servicios a la Institución. Una vez concluido el trabajo de un agrimensor contratado para efectuar replanteo de finca nacional o medición de baldío, los rto medidor, hasta obtener resultados satisfactorios, según los requerimientos de la Institución; y b) la Sección de Catastro, la cual realiza estudios registrales, catastrales y geoposicionamiento de parcelas, lotes y micro parcelas que se encuentran a nombre de la nación, para su adjudicación;  revisa planos elaborados por ingenieros particulares, contratados por los posesionarios de lotes, parcelas o micro parcelas (dichos planos deben llenar requisitos solicitados por el Fondo de Tierras). También efectúan análisis técnicos de posibles baldíos.  Para poder dictaminar si un terreno es baldío o no, se debe realizar estudio profundo de fincas colindantes, investigación en entidades como Archivo de Centro América, Registro General de la Propiedad, Duplicados del Registro, y los planos elaborados por el INTA.